Eczacıbaşı İlaç Sanayi'nin temelleri, Dr. Nejat F. Eczacıbaşı'nın 1942 yılında eğitimini tamamlayarak Türkiye'ye dönmesiyle atıldı. 1952 yılında Türkiye'nin ilk modern ulusal ilaç üretim tesisini kurarak, yüksek kalite standartları ve yenilikçi vizyonuyla Türk ilaç endüstrisinin öncülerinden biri oldu.

2007 yılında, Eczacıbaşı Sağlık Ürünleri ve Eczacıbaşı Özgün Kimya'daki %75'lik pay, eşdeğer ilaç alanında Avrupa'nın lider firmalarından Zentiva N.V.'ye devredildi; kalan %25'lik payın devri ise 2009 Temmuz ayında tamamlandı. Bu süreçte şirketin unvanı, "EİS Eczacıbaşı İlaç, Sınai ve Finansal Yatırımlar Sanayi ve Ticaret A.Ş." olarak değişti ve bu değişiklik 24 Kasım 2008 tarihli Türkiye Ticaret Sicili Gazetesi'nde yayımlandı. Üretim faaliyetinde bulunmayan EİS, bağlı ortaklıkları, iştirakleri ve müşterek yönetime tabi şirketleriyle bir yatırım holdingi olarak faaliyetlerini sürdürmektedir.

Stratejik yatırım yaklaşımı doğrultusunda, Kasım 2022'de Gensenta'nın %99,96 hissesini 135 milyon dolar karşılığında ABD'li Amgen'den satın alarak grup bünyesine kattı. Bu satın alma, Eczacıbaşı'nın ilaç ve biyobenzer ilaçların üretimi, ilaç hammaddesi üretimi ve sağlık alanında ihracat yetkinliklerini portföyüne katarak, yerli üretimin gücü ile büyümeye devam etmesini sağladı.

Mart 2025'te ise, Eczacıbaşı Monrol Nükleer Ürünler Sanayi ve Ticaret A.Ş.'deki sahip olduğu %50 payını, nükleer tıp alanında faaliyet gösteren Fransız Curium International Trading B.V.'ye devretti. Bu satış işlemi, Rekabet Kurulu'nun onayı ve gerekli tüm kapanış koşullarının yerine getirilmesiyle tamamlandı.